Detección sensible y específica de mycobacterium tuberculosis a partir de muestras clínicas, mediante la amplificación de un elemento repetitivo de la familia rep13e12 / Sensitive and specific detection of Mycobacterium tuberculosis from clinical samples by amplification of a repeated sequence of the REP13E12 family

Objetivos: Diseñar e implementar un método de PCR para la detección sensible y específica de M. tuberculosis, orientado al oportuno diagnóstico de la tuberculosis mediante su adecuada aplicación en muestras clínicas. Materiales y métodos: Se diseñaron oligonucleótidos específicos para la amplificación de un fragmento de 318pb luego de una alineación múltiple de secuencias REP13E12 de M. tuberculosis. Se realizó la estandarización del método de PCR y se evaluó la sensibilidad y especificidad diagnóstica utilizando muestras clínicas con diagnóstico baciloscópico y cultivo. Resultados: El REP13E12-PCR detectó hasta 100 fg de ADN genómico, fue específico para la detección del complejo M. tuberculosis y capaz de distinguirlos de micobacterias atípicas. Esta evaluación preliminar proporcionó 100% de sensibilidad y especificidad en muestras clínicas de pacientes con diagnóstico de TB. Conclusiones: La amplificación de REP13E12 mediante PCR es una alternativa para el diagnóstico rápido de pacientes con TB, especialmente en casos cuyo diagnóstico pueda ser dificultoso o poco claro mediante el uso de los métodos convencionales..

Objectives: To design and implement of PCR method for sensitivity and specific detection of M. tuberculosis oriented to opportune and correctly diagnosis of tuberculosis by the application on clinical specimens. Material an methods: Specific oligonucleotides for the amplification of a fragment of 318pb after a multiple alignment of sequences REP13E12 were designed. The PCR method was standarize and also the analytical and diagnostic sensibility and specifity was evaluate; using clinical samples with smear or culture diagnosis positive and negative. Results: The REP13E12-PCR detected up to 100 fg of genomic DNA. It was specific for the detection of complex M. tuberculosis and able to distinguish them of non-tuberculous mycobacteria. This preliminary evaluation provided 100% of sensitivity and specificity in sputum samples of patients with TB diagnosis. Conclusions: The REP13E12 amplification by PCR is an alternative method for the rapid diagnosis of patients with TB, especially for cases which difficult or unclear diagnosis by the gold standard technique.

Estudio de un brote intrahospitalario por salmonella typhimurium productora de beta-lactamasa de espectro extendido SHV-5 / Study of a hospital outbreak by enlarged SHV-5 spectrum beta-lactamase producing salmonella typhimurium

Antecedentes: Presencia de un brote intrahospitalario de Salmonella typhimurium productora de beta-lactamasas de espectro extendido ocurrido en el Hospital San Bartolome, entre el 17 de febrero y el 6 de marzo del año 2001. Objetivo: Identificar los mecanismos implicados en la transmisión de Salmonella typhimurium y caracterización de los genes asociados a la resistencia en beta-lactámicos. Diseño: Estudio clínico bacteriológico retrospectivo. Lugar: Hospital Nacional Docente Madre Niño (Honadomani) San Bartolomé. Materiales biológicos: Aislamientos bacterianos provenientes de pacientes lactantes. Intervenciones: Se determinó la diversidad genética de cinco aislamientos bacterianos provenientes de pacientes lactantes hospitalizados en la Unidad pediátrica del hospital, utilizando REP-PCR y fingerprint plasmídico. Previamente, se caracterizó la resistencia antimicrobiana, determinando la presencia de beta-lactamasa de espectro extendido mediante la prueba de sinergia de doble disco; la variante fue identificada por PCR secuenciamiento del gen blashv. Principales medidas de resultados: Presencia de genotipos, plásmidos y beta-lactamasa de Salmonella typhimurium. Resultados: Se determinó la presencia de dos genotipos en los aislamientos de Salmonella typhimurium; el caso índice (sensible) presentó un genotipo diferente al de otros aislamientos resistentes pertenecientes a pacientes hospitalizados. Se determinó la presencia en S. typhimurium de un plásmido de peso molecular elevado de tamaño distinto a los de K. pneumoniae, pero probablemente relacionado con una cepa de E. coli intrahospitalaria. Se encontró la beta-lactamasa de espectro extendido SHV- 5 en los aislamientos de S. typhimurium y E. coli. Conclusiones: El estudio sugiere que la diseminación de estas bacterias en los lactantes puede haber sido favorecida por varios factores que habrían intervenido en la transferencia de elementos genéticos responsables de la resistencia antimicrobiana.

Background: An ESBL Salmonella typhimurium outbreak occurred at San Bartolome hospital from February 17 through March 16, 2001. Objectives: To identify the mechanism involved in Salmonella typhimurium spread and genetic characterization of beta-lactamase resistance associated genes. Design: Clinical-bacteriologic retrospective study. Setting: San Bartolomé Mother Child Teaching National Hospital. Biologic materials: Bacterial isolations from lactating patients. Interventions: The genetic diversity was characterized from five bacterial isolates from infants admitted to the pediatric units, using REP-PCR and plasmid fingerprinting. We previously characterized the antimicrobial resistance, determining the presence of ESBL by the double disc diffusion method and the variant was identified by sequencing the gen blashv. Main outcome measures: Salmonella typhimurium genotypes, plasmids and beta-lactamase presence. Results: We found two different genotypes among the Salmonella typhimurium isolates; the index case (susceptible) showed a different genotype and the other isolates coming from hospitalized children were resistant. One of the S. typhimurium plasmids had a heavier molecular weight than K. pneumoniaeÆs but as heavy as the hospital acquired E. coli isolates plasmids. We found the ESBL SHV-5 in both S. typhimurium y E. coli isolates. Conclusions: This report suggests that the bacteria spread among infants could be facilitated by many factors playing different roles in the genetic material transfer responsible of the microbial resistance.

Caracterización molecular de Klebsiella pneumoniae y Enterobacter cloacae productoras de ß-lactamasas de espectro extendido tipo SHV-5 en una unidad de cuidados intensivos neonatal de Lima / Molecular characterization of extended-spectrum type SHV-5 ß-Lactamases producing Klebsiella pneumoniae and Enterobacter cloacae in a neonatal intensive care unit in Lima

Objetivo: Determinar los mecanismos implicados en la transmisión y resistencia antimicrobiana de aislamientos hospitalarios de Klebsiella pneumoniae y Enterobacter cloacae. Materiales y métodos: Se determinó la diversidad genética de 10 aislamientos bacterianos provenientes de pacientes hospitalizados y muestras ambientales procedentes de una unidad de cuidados intensivos de neonatos de un hospital de Lima utilizando el patrón de banda de ADN ribosomal y plasmídico. Posteriormente, se caracterizó la resistencia antimicrobiana y sus principales factores utilizando electroforesis de punto isoeléctrico, Southern Blotting y PCR. Finalmente se evaluó la capacidad de transferencia de la resistencia mediante ensayos de conjugación bacteriana. Resultados: Todos los aislamientos de K. pneumoniae y E. cloacae presentaron el mismo perfil plasmídico. Los aislamientos de E. cloacae presentaron un mismo patrón genético, por el contrario se encontraron cuatro genotipos distintos de K. pneumoniae altamente relacionados. Todos los aislamientos produjeron ßlactamasa de especto extendido Tipo SHV-5 transferible a otras especies. Conclusiones: El estudio sugiere que la diseminación de estas bacterias en los neonatos pudo haber sido favorecida por un inadecuado manejo asistencial, una defectuosa conservación de leche para el consumo neonatal y el indiscriminado uso de antibióticos, el cual generó una activa transmisión de genes responsables de la resistencia antimicrobiana